La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna purta denumirea de Văscani făcea parte din plasa Siretul de Sus a județului Suceava și era formată din satele Vascani, Boldești, Hărmănești, Todirești-Bălușești, Stroești și Laiu, având în total 2720 de locuitori. Existau în comună trei școli mixte, cinci biserici ortodoxe românești și una lipovenească. Anuarul Socec din 1925 consemnează separarea unor sate care au format comuna Stroești, comuna Vascani rămânând cu satele Boldești, Hărmăneștii Noi, Hărmăneștii Vechi și Vașcani, care făcea parte din plasa Lespezi a aceluiași județ și în care trăiau 3258 de locuitori. În 1931, comuna a primit denumirea de Hărmănești; ea făcea parte din județul Baia.

În 1950, comuna a fost arondată raionului Pașcani din regiunea Iași. În 1968, ea a trecut la județul Iași și a fost imediat desființată, satele ei trecând la comuna Todirești, cu excepția satului Vascani, care a trecut la comuna Ruginoasa. Comuna a fost reînființată în 2004, când satele ei actuale s-au desprins din comuna Todirești.