Satul Fântânele a fost înființat în 1879 și o vreme i s-a spus și Cioara și la început a fost inclus în comuna Șipote; satul avea doar o biserică catolică. Anuarul Socec din 1925 consemnează trecerea lui la comuna Focuri. În 1931, comuna Focuri a fost desființată, iar satul Fântânele a fost trecut din nou la comuna Șipote.

În 1968, la reforma administrativ-teritorială, satul se separase însă deja și forma o comună separată din raionul Hârlău al regiunii Iași, iar la acea dată a fost transferată la județul Iași, fiind însă din nou desființată, satul trecând iarăși la comuna Focuri. Comuna a fost din nou înființată în 2004, în forma actuală.