La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna purta denumirea de Băiceni, făcea parte din plasa Bahlui a județului Iași și era formată din satele Băiceni, Dădești, Cucuteni, Zbierești, Săcărești, Balosinești, Cârjoaia, Bărbătești și Coasta Măgurii, având în total 2258 de locuitori. În comună funcționau șase mori de apă, trei școli cu 96 de elevi (dintre care 31 fete) și șase biserici ortodoxe.

Anuarul Socec din 1925 o consemnează în plasa Cârligătura a aceluiași județ, având 3131 de locuitori în satele Băiceni, Balș, Bărbătești, Cârjoaia, Coasta Măgurii, Cucuteni și Săcărești.

În 1950, comuna a fost transferată raionului Târgu Frumos și apoi (după 1956) raionului Pașcani din regiunea Iași. În 1968, a revenit în alcătuirea actuală la județul Iași, reînființat, și a primit denumirea de Cucuteni (după noua reședință).