La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna purta denumirea de Hermeziu, făcea parte din plasa Turia a județului Iași și era formată din satele Hermeziu, Damachi, Zabolotenii Sturzoaiei, Vladomira, Unghiu lui Păr, Trifești, Bălteni și Zabolotenii Fotei, având în total 2340 de locuitori. Funcționau în comună cinci mori, cinci biserici și două școli cu 97 de elevi (din care 12 fete). Anuarul Socec din 1925 o consemnează în aceeași plasă, având 3027 de locuitori în satele Bălteni, Damachi, Hermeziu, Trifești, Vladomira și Zaboloteni.

În 1950, comuna a fost transferată raionului Iași din regiunea Iași, luând denumirea de Trifești de la noul sat de reședință, în timp ce satul Hermeziu a luat numele de Lunca Prutului. Satul Damachi a luat în 1964 denumirea de Plopii. În 1968, comuna a revenit la județul Iași, reînființat. Tot atunci, satul Plopii a fost desființat și comasat cu satul Trifești, iar comuna a primit satele Rădeni și Roșcani ale comunei desființate Roșcani. Acestea din urmă s-au separat din nou în 2004, comuna căpătând atunci forma ei actuală, în timp ce în 1996 satul Lunca Prutului a revenit la vechea denumire de Hermeziu.