La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna făcea parte din plasa Siretul de Sus a județului Suceava și era formată din satele Bugioaia, Rădiu, Dumbrăvița, Giurgești, Costești și Cornești, având în total 3925 de locuitori. Existau în comună două școli mixte și patru biserici. La acea vreme, pe teritoriul actual al comunei, mai funcționa în aceeași plasă și comuna Văscani, formată din satele Văscani, Hărmănești, Todirești-Bălușești, Stroești și Laiu, comuna fiind desprinsă din comuna Ruginoasa în 1876 și având 2720 de locuitori. Existau și aici trei școli rurale mixte, cinci biserici ortodoxe și una lipovenească. Anuarul Socec din 1925 consemnează comunele în plasa Lespezi a aceluiași județ, comuna Ruginoasa având 2510 locuitori în satele Dumbrăvița, Rădiu și Ruginoasa; iar comuna Vascani având 3258 de locuitori în satele Boldești, Hărmăneștii Noi, Hărmăneștii Vechi și Vascani. În 1931, zona a fost reorganizată în cadrul județului Baia, comuna Ruginoasa cuprinzând cu satele Costești, Dumbrăvița, Gringești, Petrișu de Jos, Petrișu de Sus, Rădiu și Ruginoasa; iar comuna Vascani a fost desființată, satul Vascani trecând la comuna Hărmănești.

În 1950, comuna Ruginoasa a fost arondată raionului Pașcani din regiunea Iași. În 1968, ea a trecut la județul Iași, preluând și satul Vascani de la comuna Hărmănești.