La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna făcea parte din plasa Braniștea a județului Iași și era formată din satele Prisăcani și Moreni, având în total 1603 locuitori. În comună existau cinci biserici, două mori de vânt și o școală. Anuarul Socec din 1925 consemnează comasarea celor două sate într-un singur sat denumit, ca și comuna, Prisăcani-Moreni. În 1931, satul și comuna au primit numele de Prisăcani, iar comunei i-au fost alipite satele comunei Țuțora, temporar desființată. Ulterior, comuna Țuțora s-a reînființat, iar satul Moreni a reapărut ca localitate distinctă.

În 1950, comuna a fost transferată raionului Iași din regiunea Iași. În 1968, a revenit, în alcătuirea actuală, la județul Iași, reînființat.