Comuna se află în marginea vestică a județului, la limita cu județul Neamț, pe malul drept al Siretului. Este străbătută de șoseaua națională DN28, care leagă Iașiul de Roman. Lângă podul peste Siret, din acest drum se ramifică șoseaua județeană DJ208R, care deservește exclusiv comuna, terminându-se în satul Mircești în șoseaua județeană DJ208; aceasta leagă comuna spre sud în județul Neamț de Săbăoani (unde se termină în DN2) și spre nord de Hălăucești, Mogoșești-Siret, Stolniceni-Prăjescu, Pașcani (unde se intersectează cu DN28A), Valea Seacă, Lespezi, și mai departe în județul Suceava la Dolhasca, Dolhești, Preutești și Fălticeni (unde se termină tot în DN2). De asemenea, DN2 trece prin imediata apropiere a comunei, prin comuna vecină Gherăești din județul vecin Neamț, acolo existând și un scurt drum comunal care leagă satul Iugani de acea șosea.

În comuna Mircești se află și Lunca Mircești (Vasile Alecsandri), arie protejată de tip forestier unde sunt ocrotite mai multe specii de arbori.