La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna purta denumirea de Sârca, făcea parte din plasa Cârligătura a județului Iași și era formată din satele Sârca, Budăile, Lungani, Crucea, Cosițeni, Mădârjești și Goești, având în total 3519 de locuitori. În comună existau 5 biserici, 3 școli, 4 mori de apă și 2 de aburi. Anuarul Socec din 1925 consemnează trecerea câtorva dintre satele comunei la comuna Bălțați, comuna rămânând cu satele Lungani și Goești, cu 2308 locuitori, și primind denumirea de Lungani. În 1931, comuna Bălțați a fost desființată și satele ei au trecut la comuna Lungani.

Comuna Bălțați a fost reînființată după al Doilea Război Mondial, comuna Lungani căpătând apoi alcătuirea actuală. În 1950, ea a fost transferată raionului Târgu Frumos și apoi (după 1956) raionului Pașcani din regiunea Iași. În 1968, comuna a revenit la județul Iași, reînființat.