La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna făcea parte din plasa Coșula a județului Botoșani și era formată din satele Deleni, Maxut, Pârcovaci și Slobozia, având în total 2745 de locuitori. În comună existau cinci mori de apă, una de aburi, o fabrică de spirt, patru biserici și o școală mixtă cu 50 de elevi (toți băieți). La acea vreme, pe teritoriul actual al comunei mai funcționa, în aceeași plasă, și comuna Feredeni, formată din satele Feredeni, Poiana și Unsa, cu 941 de locuitori, și în care existau șapte mori de apă, două biserici și o școală mixtă cu 10 elevi.

Anuarul Socec din 1925 consemnează comuna Deleni în aceeași plasă și în aceeași alcătuire, având 4220 de locuitori; și desființarea comunei Feredeni, satele ei fiind arondate comunei Rădeni. Comuna Feredeni a fost reînființată în 1931, cu satele Boscoteni, Feredeni, Poiana și Unsa, iar comuna Deleni a rămas cu satele Deleni, Maxut și Slobozia, după ce satul Pârcovaci a fost transferat orașului Hârlău.

În 1950, comunele au fost transferate raionului Hârlău din regiunea Iași, iar comuna Feredeni a fost în curând desființată și satele ei au fost incluse în comuna Deleni. În 1968, comuna Deleni a trecut, în alcătuirea actuală, la județul Iași.