La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna făcea parte din plasa Podoleni a județului Fălciu și era formată numai din satul de reședință, având 1293 de locuitori, o biserică ridicată în 1795 și o școală cu 30 de elevi deschisă în 1865, principalul proprietar de pământuri fiind statul. La acea vreme, pe teritoriul actual al comunei mai funcționa, în aceeași plasă, și comuna Podoleni, formată din satele Podolenii de Jos și Podolenii de Sus, având în total 1423 de locuitori, o școală și două biserici.

Anuarul Socec din 1925 consemnează cele două comune în plasa Răducăneni a aceluiași județ, comuna Cozmeni având aceeași alcătuire și 1531 de locuitori, iar comuna Podoleni având în plus satul Podu Hagiu și 2047 de locuitori. În 1931, comuna Podoleni a fost desființată, cele trei sate ale ei trecând la comuna Cozmeni.

În 1950, comuna Cozmeni a fost arondată raionului Codăești, apoi (după 1956) raionului Iași din regiunea Iași. În 1968, a trecut la județul Iași.