La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna purta numele de Miclăușeni (deși Butea era satul de reședință), făcea parte din plasa Siretul de Sus a județului Roman și era formată din satele Butea, Hândrești, Lițca și Miclăușeni, având în total 3203 locuitori (701 familii), din care 368 familii de maghiari și 11 familii de evrei. Pentru 322 de familii nu este menționată etnia. În comună existau case boierești, un parc, o școală de băieți cu 11 elevi, una de fete cu 14 eleve, două biserici ortodoxe și una catolică, iar principalii proprietari de pământuri erau frații Dimitrie și George A. Sturdza. Anuarul Socec din 1925 consemnează comuna Miclăușeni ca reședință a plășii, având 3193 de locuitori în satele Butea, Hândrești și Miclăușeni (după ce satul Lițca fusese transferat la comuna Doljești).

În 1950, comuna a trecut în administrația raionului Târgu Frumos și apoi (după 1956) în cea a raionului Pașcani din regiunea Iași, primind în timp denumirea de Butea, după satul de reședință. În 1968, comuna a trecut, în componența ei actuală, la județul Iași.