La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna nu exista, o parte din satele ei, existente la acea vreme, fiind incluse în comuna Brăești, și altele alcătuind comuna Sârca (cu satele Sârca, Bidăile, Lungani, Crucea, Cosițeni, Mădârjești și Goești având în total 3519 locuitori, 5 biserici, 3 școli, 4 mori de apă și 2 de aburi). Anuarul Socec din 1925 consemnează apariția comunei Bălțați, în plasa Cârligătura a județului Iași, având 1183 de locuitori în satele Bălțați, Sârca și Valea Oilor și în cătunele Făcuți și Gugea. În 1931, comuna a fost desființată și satele ei au fost incluse în comuna Lungani.
Comuna Bălțați a fost reînființată, în structura anterioară, plus satele Cotârgaciu și Mădârjești, după al Doilea Război Mondial. În 1950, ea a fost transferată raionului Târgu Frumos și apoi (după 1956) raionului Pașcani din regiunea Iași. În 1968, comuna a revenit la județul Iași, reînființat și tot atunci a fost desființat satul Gugea, comasat cu Valea Oilor.